Bioethanol wird durch alkoholische Gärung gewonnen, indem der Zucker zuckerhaltiger Pflanzen wie Zuckerohr oder Zuckerrübe vergoren wird. Er kann aber auch aus Getreide, Mais und anderen stärkehaltigen Pflanzen gewonnen werden, indem die Stärke zuerst aufgeschlossen wird. Die Prozesse sind dabei denen bei der Herstellung mancher alkoholischen Getränke, wie Wein oder Bier, vergleichbar.

Die Schritte der beiden hauptsächlichen Herstellungsverfahren sind die Folgenden: Maische oder Zuckersaft werden in einem Fermenter vergoren. Der Alkohol wird dann destilliert, indem das Gärgemisch erhitzt wird und das flüchtige Ethanol aufgefangen wird. Bei der Herstellung des Bioethanol fallen auch Reststoffe an, die als Futtermittel oder Substrat für Biogasanalagen verwendet werden können.
Der in Deutschland eingesetzte Bioethanol wird, Stand 2021, vor allem aus Mais (48%) und andere Getreidesorten (33,7%) gewonnen. Nur ein kleinerer Teil wird aus Zuckerohr (9,7%) oder Zuckerrüben (2,9%) gewonnen. 5,7% werden aus Abfall gewonnen (Lauf et al. (2023)). Nur ein kleiner Teil der Biomasse stammt dabei aus Deutschland. Der überwiegende Teil wird aus verschiedenen europäischen Ländern importiert (siehe Grafik in Biodiesel).